Prudente, Padre Cícero pediu que dois médicos e um farmacêutico estudassem o caso. Estes acompanharam o fenômeno, estudaram, analisaram e assinaram atestados afirmando que o fato era inexplicável à luz da ciência.

      O atestado reforçou a fé no milagre. Começaram, então, as peregrinações para Juazeiro. O povo queria ver a beata e adorar os panos manchados de sangue. O bispo de Fortaleza chamou Padre Cícero para esclarecimentos. Depois mandou que os fatos fossem investigados oficialmente.

     A Comissão nomeada pelo bispo foi a Juazeiro, assistiu às transformações, examinou a beata, ouviu testemunhas e concluiu que o fato era realmente de origem divina. Mas o bispo, influenciado por clérigos que rejeitavam a ideia de milagre, nomeou outra Comissão, que foi a Juazeiro, convocou a beata, deu a comunhão a ela e nada de extraordinário aconteceu. Então, foi concluído que não houve milagre.

     O Padre Cícero, o povo e todos os padres que acreditavam no milagre protestaram. Isso foi visto como desobediência ao bispo. O bispo enviou um relatório à Santa Sé e esta confirmou a decisão do bispo contrária ao milagre. Os padres foram obrigados a se retratarem e Padre Cícero foi suspenso de ordem, acusado de manipulação da fé.

     Durante toda a vida Padre Cícero tentou revogar essa pena, mas não conseguiu. Ele até conseguiu uma vitória em Roma, quando lá esteve em 1898. Mas, o bispo não voltou atrás.