De início, Padre Cícero tratou o caso com cautela, guardando inclusive sigilo por algum tempo. Os médicos Marcos Madeira e Idelfonso Correia Lima e o farmacêutico Joaquim Secundo Chaves foram convidados para testemunhar as transformações, e depois assinaram atestado afirmando que o fato era inexplicável à luz da ciência. Isto contribuiu para fortalecer no povo, no Padre Cícero e em outros sacerdotes a crença no milagre.
O povoado passou a ser alvo de peregrinação: as pessoas queriam ver a beata e adorar os panos tintos de sangue.
O professor e jornalista José Marrocos, desde o começo um ardoroso defensor do milagre, cuidou de divulgá-lo pela imprensa.
A notícia chegou ao conhecimento do Bispo D. Joaquim José Vieira, irritando-o profundamente. Padre Cícero foi chamado ao Palácio Episcopal, em Fortaleza, a fim de prestar esclarecimentos sobre os acontecimentos que todo mundo comentava.
Inicialmente, o bispo ficou admirado com o relato feito por Padre Cícero, porém depois, pressionado por alguns segmentos da Igreja que não aceitavam a idéia de milagre, mandou investigar oficialmente os fatos, nomeando uma Comissão de Inquérito composta por dois sacerdotes de reconhecida competência: os Padres Clicério da Costa Lobo e Francisco Ferreira Antero.
Os padres comissários vieram, assistiram as transformações, examinaram a beata, ouviram testemunhas e depois concluíram que o fato era mesmo divino. O bispo não gostou desse resultado e nomeou outra Comissão, constituída pelos Padres Antônio Alexandrino de Alencar e Manoel Cândido.
A nova Comissão agiu rapidamente. Convocou a beata, deu-lhe a comunhão, e como nada de extraordinário aconteceu, concluiu: não houve milagre! O povo, Prof. José Marrocos, Padre Cícero e todos os outros padres que acreditavam no milagre protestaram.
Com a posição contrária do bispo, criou-se um tumulto, agravado quando o Relatório do Inquérito foi enviado à Santa Sé, em Roma, e esta confirmou a decisão tomada pelo bispo.
Todos os padres que acreditavam no milagre foram obrigados a se retratar publicamente, ficando reservada ao Padre Cícero uma punição maior: a suspensão de ordem.
Durante toda sua vida ele tentou revogar 15 essa pena, todavia, foi em vão. Aliás, ele até que conseguiu uma vitória em Roma, quando lá esteve em 1898. Entretanto, o bispo, por intransigência, manteve-se irredutível na decisão tomada inicialmente.
Cem anos depois o milagre de Juazeiro foi alvo de estudos pela Parapsicologia. Segundo estudiosos dessa ciência, um caso de aporte foi o que teria acontecido com a beata. A tese do embuste, defendida por muitos padres e escritores, foi descartada pelos parapsicólogos.
Fonte: Biografia Daniel Walker